生信背景最新视觉报道_信纸背景图word(2024年12月全程跟踪)
从纯生物到生物信息的转行心得 最近有不少朋友问我,纯生物专业在读研读博时转到生物信息或计算生物学的心得和感受。我本科读的是生物药学,由于做小动物实验实在不太擅长(有一次杀蟾蜍怎么都杀不掉,最后只能握着它哭),所以转专业的决心特别大。 另外,大三时学C语言时,对初级编程还挺感兴趣的,至少不反感。保研时参加夏令营,我就专门看了生物信息专业的推免信息。 下面说说我的整体感受吧: 转行初期的困难 𑊥开始转行到生物信息时,确实觉得有些困难。研究生入学后上了一些生物信息学课程,作业都是实操练习。对于刚上手的我来说,主要难点在于对Linux操作系统的陌生。大四毕业前,我在一个生物信息实验室做毕设,用了一些R语言和Python,对它们有了一点初步的认识。后来主要是Linux操作系统和bash脚本让我觉得有点难。导师希望我尽快上手出结果,所以我只能在压力下不停地啃书。好在研究生同学们很多都是生信或计算机背景,给了我很多帮助,才能顺利入门。 生物背景的弊端 如果有生物背景转行到生物信息,可能会遇到一些弊端。那就是数理统计水平和编程水平不如人家本专业的。在做课题的过程中,我总觉得我的算法统计和计算机编程能力非常有待提高。现有水平只能说是勉强够用。一直很想抽时间找一本书或者找一个课程认真从头学一遍,但课题一做上真的还很难有大把时间来从头学习。不过我还是觉得需要认真学一遍的! 如何准备转专业 如果你后面打算转生物信息专业,可以提前准备起来。我当时没怎么准备,现在有点遗憾。主要是抽时间看一些统计和编程的东西。比如简单的统计学知识、统计学原理以及在R语言中的实现。找一本书学一下Linux操作系统,提前适应一下Python也学一下。简单的编程要会,其实这些看起来要学的比较多,实际上还好的! 后面有时间我会再总结一下怎样自学生物信息,怎样自行入门。❤️
UU还是KU?生信硕士咋选! 本科药学背景,申请季拿到了荷兰和哥本哈根的生物信息学硕士项目offer,现在需要做选择。 1. 乌特勒支大学(Utrecht University) Msc Bioinformatics and Biocomplexity 2. 哥本哈根大学(Copenhagen University) Msc Bioinformatics 两个项目都是两年制。个人更喜欢荷兰的气候和环境,但感觉UU这个项目中国学生比较少。由于是半转专业,希望项目能更扎实一些。UU的两个项目设置非常灵活,角度多样。哥哈的课程比较硬核,但项目可能比UU短一些。真的好纠结 欢迎大家讨论这两个国家和项目!
双非逆袭考博:科研计划书撰写全攻略 大家好,我是双非出身的天坑专业学生,今年成功逆袭985院校的梦中情校。申请考核制博士需要提交科研计划书,这在总分中占比较大。下面分享一下我的科研计划书撰写心得和思路,希望对大家有帮助! 明确科研计划书的内容 首先,科研计划书通常包括以下几个部分:题目、研究背景和意义、研究目的、研究内容、创新点、研究方法和预计成果。每个部分都很重要,要全面覆盖。 了解导师的研究方向 在开始写之前,一定要仔细研究报考导师的近几年论文。了解导师的研究方向和兴趣,看看你的硕士研究能否与之结合。如果有机会,可以让硕导帮你把关,或者和博导交流一下,这样能更明确方向。 分析导师的论文套路 在查阅博导的论文时,可以分析一下这些论文是否有规律可循。比如,是否从生信分析到生理验证,或者历年关注某一类基因/蛋白,研究其细胞信号、生理功能或临床应用。了解这些套路后,结合自身研究内容,加入创新点,可以是技术层面的创新,也可以是新的发现。 正式撰写 ✍️ 撰写时要注意格式和排版,美观的设计会加分不少。标题和小标题要清晰明显,研究背景要分段写,简要提出研究概况,指出还未研究和关注的内容,升华研究意义。引用近几年比较权威的文献,文献引用格式一定要规范。研究内容要细分几个点,围绕研究目的展开。研究方法中把可能用到的方法写上,可以加上有逻辑的技术路线图,这样会更加分。 多次修改和他人斟酌 写完之后可以过两天再打开看看有没有要调整的地方,每次修改都会变得更好。如果可以的话,发给其他人帮你斟酌一下,这样能发现更多问题。 希望这些心得能帮到大家顺利撰写科研计划书,成功逆袭考博!
𑤻生物统计的热门专业退学后的新起点 背景:211本科和硕士/中药专业转生物统计/硕士期间参与了多种生物信息分析项目/博士在读期间学习了半年多的临床试验设计/现于股份制银行轮岗中 体验:相较于过去,现在感觉非常好,精神上和物质上都有所提升 生物统计硕士就业和深造的观点: 1️⃣ 工业界就业岗位: 药企岗位:药企提供的工资大致相同,适合自己最重要,大平台的培养价值大于小公司。 信工程师:对生物学背景和计算机能力要求高,适合热爱算法和平台开发的人。 S程序员:工作较为清闲,适合内向的人,相对其他岗位较为枯燥,但可以做到工作与生活平衡。 统计师:硕士学历通常被视为统计师,需要同时进行统计和编程,工作相对杂乱,晋升竞争力较弱。 2️⃣ 深造路径: 美国PhD:对大多数人来说,美国PhD是首选。 륅𖤻PhD:包括国内PhD和企业联培专博,对国内学历内卷和恶劣的科研环境而言,可能不太值得。
清华到剑桥,如何逆袭? 学长经历 本科:清华大学 硕士:哥本哈根大学 专业:生物专业转生物信息专业 申请季去向 最终去向:剑桥大学MPhill in Machine Learning and Machine Intelligence 갟갟李쨃景条件 虽然本科毕业于清华,但专业课成绩并不突出。生化一和生化二分别只有60多分,分子生物学70多分,细胞生物学80分。虽然数学和计算机成绩还不错,微积分、线代、概率论和离散数学都在90分以上,但总体GPA只有80出头。如果没有硕士经历,很多英国大学的硬性标准都达不到,背景并不出众。 硕士自学内容 在硕士期间,我自学了一些内容,因为对这方面很感兴趣。比如,学习了李航教授的《统计学习方法》和《模式识别与机器学习》,这是贝叶斯领域的经典教材。还上了一些网课,但这些网课相对来说比较简单。 찟찟짔信方面的研究 在生信方面,我研究了突变蛋白质稳定性的预测,使用了transformer模型。还进行了病例合成的数据分析,用虚拟病例模拟真实病例,防止信息泄露。这需要用经典的机器学习模型来解决海克森的题目。 𛰟𛰟程语言掌握 我掌握了几种编程语言,其中Python是最重要的,因为机器学习现阶段Python还是主流。 总结一下,我的背景条件并不出众,本科专业与申请方向不相关,GPA也不高,甚至达不到很多英国学校的硬性要求。不过,硕士专业相关且成绩还可以,虽然更多是偏应用。好在数学成绩还不错,喜欢推导和编程。
临床医生即将迎来一场前所未有的富贵盛宴! 一篇结合孟德尔随机化和机器学习方法的生信研究,探讨了疾病的发病机制。虽然数据来源于公共数据库,但整体复现难度并不高,且分析非常细致。 题目:在非特异性眼眶炎症免疫治疗策略的背景下,基于生物信息学验证和机器学习的嘌呤代谢相关基因特征探索 期刊:Frontiers in Immunology 影响因子:IF=7.3 发表时间:2024年3月 ᠧ 究思路 在识别和验证与非特异性眼眶炎症(NSOI)相关的嘌呤代谢基因(PMG)时,采用了全面的生物信息学策略。通过差异基因表达分析和已知PMG的精选列表交叉比对,明确了在NSOI中可能发挥作用的基因。借助基因集富集分析(GSEA)与基因集变异分析(GSVA)等手段,深入探究这些PMG的生物功能及相关路径。经过Lasso回归和支持向量机-递归特征消除(SVM-RFE)的进一步优化,识别了关键的枢纽基因,并评估了其在NSOI诊断方面的能力。此外,还分析了这些枢纽PMG和相关临床参数的关系。为验证结果,剖析了GSE58331和GSE105149数据集中的表达数据,重点研究了被视作对NSOI病理学极为重要的七个PMG。 主要结果 DEG识别和主成分分析 PMG的富集分析 模型的构建 GSEA分析 免疫细胞 GSVA分析 药物-基因相互作用 常见RNA的鉴定和miRNAs-lncRNAs共享基因网络的构建 关键基因验证 模型验证 孟德尔随机化分析 总结:该研究通过差异基因表达分析和已知嘌呤代谢基因(PMG)的精选列表交叉比对,找出了在非特异性眼眶炎(NSOI)中或许发挥作用的基因。运用基因集富集分析与基因集变异分析等手段深入探究这些PMG的生物功能和相关路径,还从GEO公共数据库筛选出临床数据,对基于Lasso回归和支持向量机结合的模型进行训练与测试,达成了高精度的预测成效。研究成果显示,借助通路富集和孟德尔随机化等分析,众多成分基于疾病的复杂本质展开协同与相互作用。你也想要在科研道路上更进一步,发表高分SCI吗?别犹豫,赶紧行动吧!
老外也开始研究中药了!抗衰老新发现 发表时间:2024年6月 杂志:Nature Aging 影响因子:IF=17.0 研究背景:随着人口老龄化,衰老和年龄相关疾病(如癌症、心血管疾病、代谢性疾病、肾脏病和神经退行性疾病)日益增多。这些疾病是全球死亡的主要原因。因此,目前老龄化领域的研究重点是提高健康寿命(即一个人健康状况良好的年),而不是寿命本身。 젦짠究从细胞层面到整体动物模型,再到分子机制的探索,逐步深入,提供了HK作为一种潜在的抗衰老治疗剂的证据,并揭示了其可能的作用机制,包括调节细胞衰老和影响p16-CDK6相互作用,为延缓衰老提供科学依据和潜在的治疗策略。 🠤𘭥輦拏𝥮𖦉𖦌项目,近年来吸引了大量研究学者,发文量直线上升。其中,结合生信分析最热门的无疑是结合多组学和网络药理学分析。 结论:老外都开始研究中草药了!中医药领域的研究值得关注。
生信分析入门:GEO数据库与数据挖掘基础 今天主班,加班做手术,回家后喝了米糊糊,今天就看一节课吧,明天睡醒了再看。明天晚上上夜班还要开组会,下周就要文献汇报了,好焦虑[叹气R][叹气R] 数据挖掘的背景知识 数据挖掘(Data Mining)这个概念首次出现在1989年举行的第十一届国际联合人工智能学术会议上。它的思想来自机器学习、数据库系统、模式识别和统计,引起了信息产业界的极大关注。主要原因是存在大量数据,可以广泛使用,并且迫切需要将这些数据转换成有用的信息和知识。 驱动力 超大规模数据库的出现,如商业数据仓库和计算机自动收集数据记录手段的普及 先进的计算机技术,如更快和更大的计算能力和并行体系结构 对海量数据的快速访问,例如分布式数据存储系统的应用 统计方法在数据处理领域应用的不断深入 ᠩ 信息冗余、信息真假难以辨识、信息安全难以保证、信息形式不一、难以统一处理等。 “数据过剩”、“信息爆炸”和“知识贫乏”等现象相继产生。 医疗领域的数据挖掘 通过挖掘数据得到相关知识规律,便于相关人员工作的开展。有助于医疗人员发现疾病的一些规律,从而提高诊断的准确率和治疗的有效性,不断促进人类健康的发展。 젧信文章的四个标准化模块 挑:表达差异 圈:功能聚类 联:交互网络 靠:临床意义 GEO数据库 GEO,全称Gene Expression Omnibus(基因表达综合数据库),网址:,是由美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBl)于2000年创建并维护至今的高通量基因表达数据库。 GEO是一个国际公共存储库,收录并整理了全球范围内研究工作者上传的微阵列芯片、二代测序以及其他形式的高通量基因组数据,并提供免费下载。 ️ GEOexplorer GEOexplorer()是一种用于分析基因表达数据集的工具,旨在让没有编程技能的用户能够执行基因表达分析,使用户可以轻松地对微阵列和RNA-seq数据集进行交互式和可重复的基因表达分析,同时产生丰富的交互式可视化,以促进数据探索和解释,并提供丰富的分析技术选择和可发表的图表。
生信并不难,只需几步搞定! 你是否觉得生信分析高不可攀,需要深厚的编程和统计背景?其实不然!늊虽然掌握代码、复杂的R语言和大量的数学、统计知识无疑会让你在生信分析中如鱼得水,但对于临床医生或医学生来说,这几乎是不可能的。幸运的是,计算机专家们已经为我们提供了许多便捷的工具。 今天,我们就来探索如何使用在线工具——GEO2R,轻松绘制差异基因表达火山图,并理解其背后的科学意义。 首先,让我们了解一下GEO数据库。GEO全称为Gene Expression Omnibus,是一个存储大量肿瘤和非肿瘤数据的公共数据库。通过PubMed,我们可以轻松检索到GEO数据集。 以「lung cancer」为例,进入PubMed后,选择GEO DataSets进行检索。点击打开数据集后,你会看到关于该数据集的简要介绍,包括作者使用的芯片类型、病人数量以及分组信息等。 接下来,点击「Analyze with GEO2R」,根据作者定义的「Source name」,我们可以定义待分析的组别。通过勾选相应的组别,如图三所示,然后点击「Analyze」开始分析。 短暂的等待后,你会得到一张漂亮的差异基因表达火山图(如图四),可以直接保存图片,并下载数据。 这些漂亮的图是通过R语言进行可视化的,你可能都没注意到自己已经在使用R语言了! 生信分析并不难,只要你有信心和耐心,加上合适的工具,你也能轻松上手。快来试试吧!
生物信息学:转行的最佳选择还是陷阱? 豰月23日更新:没想到这么多人关注,本来是深夜emo的时候随便写写以下内容都是个人在秋招过程中的一些体会,纯主观,不对任何选择负责!可能存在个人信息疏漏或者我的能力不足,理解当下的就业市场。如果我说了很幼稚的话,那就当博大家一笑吧。 褻夸内容总结:如果你想继续留在学术界,请忽略以下所有话;如果你想转换赛道,也仅供参考,只是我对2025年秋招生物对口/转行的一点思考。 1️⃣生物信息学的思考:在编程和AI大行其道的背景下,没有能力手撕代码的调包生信真的处于劣势。求变有两条路:深入挖掘生物信号的统计规律,走数据分析路线;或者拼算法,搞点热门的方向,比如深度学习、NLP和AI医疗。 2️⃣组学分析市场需求:蛋白组>代谢组>转录组≈单细胞>>>基因组(在sc-seq单价持续下降的情况下,单细胞也会渐渐向基因组靠拢)。 3️⃣基础湿实验的建议:不到万不得已不建议回到基础湿实验发展,非要做那就:肿瘤>蛋白>干细胞>其他任何,尽量向生物制药/生化靠拢,还有机会去做试剂研发。 4️⃣亟待探索:生物医学工程-随着IVD的崛起,BME今年秋招情况看起来比生物医学要好(人家本来就是电子信息自动化的,你生物能比吗•ᴗ•篼。但是存在交叉多内容杂难转行,同时行业寡头出现,尤其是医学图像处理方向真是卷成麻花。行业学科壁垒对于生物基础的学生来说比较高,感觉适合传统工科转行。
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